Laboratórne stretnutie a farebné proteíny

Zo štvrtku sa vykľul veľmi dlhý deň, v labáku som zostávala až do šiestej večer - ale pekne po poriadku.

Hneď z rána sme pokračovali s prácou na baktériách, ktoré sme sa snažili pozmeniť tak, aby nám vyrábali DNA, ktorú potrebujeme. Cez noc nám PCR naduplikovala dostatočný počet DNA vlákien a najprv sme potrebovali otestovať, či prístroj naozaj urobil, to čo mal - skúmavky vyzerajú pred a po procesom úplne identicky. Na skontrolovanie toho, či sa tam DNA nachádza a či je to tá, ktorú potrebujeme sme použili prístroj nazývaný gélová elektroforéza. Táto dokáže rozdeliť molekuly na základe ich dĺžky.
     Prístoj funguje tak, že sa medzi dve elektródy vloží gél z agaru (rastlinná želatína) a na stranu pri negatívnej elektróde sa vstrekne DNA, ktorá je prirodzene negatívne nabitá. Keď sa prúd spustí, vlákna dna sa začnú hýbať cez gél smerom k pozitívnej elektróde - kratšie vlákna sa hýbu rýchlejšie a dlhšie pomalšie. Tak sa DNA rozdelí do pásov na základe ich dĺžky. Na výsledný gél sa môžeme pozrieť pod UV lampou, kde sme ho aj odfotili.
     Tak sme zistili, že sa DNA rozmnožila iba v jednej vzorke a na druhú procedúra nefungovala. Takže sme si ušetrili robenie experimentu s nefunkčnou vzorkou a pokračovali sme s tou, ktorá sa podarila.
 

yourgenome.org

Ďalším krokom bolo vložiť DNA do baktérií. To nie je veľmi zložité, keďže baktérie boli dopredu pripravené tak aby jednoduchšie prijali cudziu DNA a pridali ju ku svojej. Jednoducho sme zmiešali baktérie a DNA a zahriali ich na 42 stupňov Celzia, čo im pripravilo tepelný šok a dostalo DNA do baktérií. Baktérie sme potom naniesli na agar na Petriho miske a nechali rásť do ďalšieho dňa.

Po obede sa konalo stretnutie laboratória. Tieto sú veľmi dôležité, lebo je to jeden z mála momentov, kedy sa celá skupina stretne a diskutuje svoje zistenia a prebieha k výmene myšlienok a nápadov. Aj keď sa tieto stretnutia konajú každý týždeň, berú sa veľmi vážne a každý člen laboratória mal pripravenú krátku prezentáciu s fotkami či videami o svojich výsledkoch z posledného týždňa. 

     A potom sa už mohla začať diskusia a veru sa aj začala. A nebola celkom v oblasti, ktorú som očakávala. Ako som spomínala, laboratórium sa zaoberá rastom a štruktúrou výbežkov z bunky - filopódií. Vyvinuli aj veľmi dobrý spôsob toho, ako ich "pestovať" bez toho aby potrebovali bunky. Dokážu pripraviť plochú membránu z ktorej tieto štruktúry po pridaní zmesi proteínov vyrastajú. Na stretnutí sa riešili spôsoby toho ako tieto štruktúry pod mikroskopom sledovať, spočítavať a merať. Takže reč bola nie o biológii ale hlavne o počítačovej technike a matematike. Na tomto stretnutí som si veľmi dobre uvedomila, že veda je rovnakým dielom o získavaní dát a ich analýze. 

      V podobnom duchu pokračovala analýza iných grafov, ktoré ukazovali množstvo istého proteínu v bunke a z jednoduchého grafu sa dalo vyviesť viac výsledkov ako by ma kedy napadlo.

      Poriadne biologická časť prišla s videom z mikroskopu, kde sme mohli sledovať rast filopódií v priamom prenose s istým proteínom, ktorý nás zaujíma označeným zelenou farbou. Otázka bola, či sa v bunke nachádza počas významného momentu predlžovania týchto štruktúr alebo nie. To bola zložitá úloha, ale všetci sme sa zhodli, že tam záblesk zelenej je. Aj pre toto sa tieto stretnutia konajú - aby sa na tie isté dáta pozrelo viacero ľudí a tak objektívne zhodnotilo výsledky.

      Ako posledný sa riešil problém PhD študentky s označovaním špecifických proteínov, ktoré chce potom použiť v bunkách. Stačilo zopár dobrých návrhov a problém bol rýchlo vyriešený.

Stretnutie sa podstatne natiahlo, ale takisto vyriešilo veľa problémov. Po skončení som išla pomáhať tej študentke s jej extrakciou proteínov. Celá táto procedúra musí prebiehať v studenej miestnosti - laboratóriu kde sa udržuje konštantná teplota 4 stupne Celzia. Takáto mrazivá atmosféra je potrebná pre prácu s proteínmi, pri vyšších teplotách by sa mohli aktivovať a zničiť výsledky. Tu sme proteíny zmiešali s farbičkou, ktorá ich označila a odseparovali ch od zvyšnej farby.
     Výsledok potom bolo treba otestovať na prístroji, ktorý pomocou presvetlenia vzorky určí koncentráciu. Akosi nám ale ukazovalo negatívnu koncentráciu a tak bolo treba otestovať či je proteín naozaj označený a funkčný. Na tieto účely bolo potrebné "vypestovať" štruktúry tak ako som spomenula vyššie a pridať tento označený proteín do zmesi. Ak sa tam bude nachádzať tak sa ukáže pod mikroskopom pri raste týchto "chápadiel" a je isté, že sa podaril označiť.

    Po pridaní zmesi proteínov a iných potrebných zložiek na membránu trvá zopár minút kým začnú štruktúry rásť a tak sme výsledok nevedeli hneď. Nakoniec sa ale pod mikroskopom objavili biele body a vedeli sme, že sa podarilo proteín správne vyrobiť a laborantka ho môže dať do mrazničky a neskôr použiť.