Zápisky z laboratória

V posledný deň môjho pobytu v laboratóriu som sa dostala k pomyselnému začiatku celého výskumu tohto tímu. Nemá príliš prívetivé meno, ale o to bol dôležitejší pre výsledky, ktoré sa tam dosiahli. Žabací extrakt. Presnejšie extrakt zo žabacích vajíčok. Tento extrakt je vlastne čistá cytoplazma (obsah bunky bez jej organel) týchto buniek a obsahuje zmes nespočet proteínov, z ktorých sa veľa podieľa práve na formovaní filopódií. Použili ho aj v asi najdôležitejšom experimente tohto laboratória kedy ho a pár iných proteínov pridali k jednoduchej membráne a pozorovali okamžitý rast štruktúr, ktoré dokonalo imitujú filopódie. Teda je to veľmi používaná látka v labboratóriu a z času na čas treba doplniž zásoby. So žabacími vajíčkami sme sa už stretli ale vždy sme ich oplodnili aby sme dostali malé embryá. Tentokrát to nepotrebujeme. Čo ale potrebujeme je veľa vajíčok, asi tak 20x viac ako sme používali predtým. Všetky vajíčka treba "odželatínovať" - oddeliť od nich ich obal. Op...

Väčšinu štvrtka zabralo laboratórne stretnutie, ale pred ním sme ešte stihli pracovať s baktériami, ktoré sme deň predtým nechali množiť sa. Z nich sme dnes potrebovali vyseparovať DNA, ktorá sa bude môcť vložiť do iných baktérií na výrobu proteínov - dalo by sa povedať že jeden druh baktérií je dobrá továreň na DNA a druhý na proteíny. Procedúra toho dňa sa volala MidiPrep (predchádzajúca bola MiniPrep) pretože sme DNA separovali z väčšieho množstva baktérií. Procedúra bola ale úplne identická, takže môžem odkázať na predchádzajúci článok. DNA sme potom zmrazili a bola pripravená na použitie - naočkovanie do iných baktérií a výrobu proteínu. Zvyšok dňa zabralo laboratórne stretnutie - musím sa priznať, že opäť som z neho vyrozumela tak polovicu, keďže sa okrem biológie riešila často aj štatistika, modelovanie či programovanie - ako som už určite spomínala, vo vede je analýza dát rovnako dôležitá ako ich získavanie. Ale svetlým momentom bolo odhalenie toho kam sa podelo všetkých ...

V stredu ráno sme dostali výsledky našich DNA sekvencií z baktérií a zistili sme, že v jednej vzorke sa nám podarilo DNA do buniek dostať a naša sekvencia sa nachádzala v genóme (súbore všetkej DNA v bunke) nachádzala. Baktérie sa teda dali "použiť" na syntézu tejto vynovenej DNA a dali sme ich cez noc rásť aby sme z nich mohli získať väčšie množstvo DNA. Hlavná stredajšia úloha bola ale práca s embryami. Tie nám cez noc vyrástli a z pár buniek už bolo pár stoviek. Našou misiou bolo vyrezať z nich špecifickú časť, kde sa bunky v embryu rýchlo pohybujú a používajú na to ako inak našich starých známych – filopódie. Teraz prišiel na rad nástroj, ktorý ma fascinoval od vtedy čo som o ňom prvýkrát počula. Nožík z obočia. Veruže áno. Je to tenká sklená trubka na konci upchatá voskom do ktorého je vložený vlas z obočia, ľudského. Podľa odbornej literatúry má tento vlas potrebnú šírku, pružnosť a pevno...