Nožík z obočia a falošné farby

V stredu ráno sme dostali výsledky našich DNA sekvencií z baktérií a zistili sme, že v jednej vzorke sa nám podarilo DNA do buniek dostať a naša sekvencia sa nachádzala v genóme (súbore všetkej DNA v bunke) nachádzala. Baktérie sa teda dali "použiť" na syntézu tejto vynovenej DNA a dali sme ich cez noc rásť aby sme z nich mohli získať väčšie množstvo DNA.

Hlavná stredajšia úloha bola ale práca s embryami. Tie nám cez noc vyrástli a z pár buniek už bolo pár stoviek. Našou misiou bolo vyrezať z nich špecifickú časť, kde sa bunky v embryu rýchlo pohybujú a používajú na to ako inak našich starých známych – filopódie.

Teraz prišiel na rad nástroj, ktorý ma fascinoval od vtedy čo som o ňom prvýkrát počula. Nožík z obočia. Veruže áno. Je to tenká sklená trubka na konci upchatá voskom do ktorého je vložený vlas z obočia, ľudského. Podľa odbornej literatúry má tento vlas potrebnú šírku, pružnosť a pevnosť na to aby dobre rezal mäkké žabacie embryo (v labáku často vyskúšajú vzorky z viacerých dobrovoľníkov kým dostanú perfektný nástroj). Občas sa používajú aj slučky z vlasov.

Pred samotným rezaním ale bolo treba spraviť zopár príprav. Museli sme pripraviť Petriho misky potiahnuté Agarovou želatínou aby sme dosiahli povrch na ktorý sa vyrezaná časť neprilepí. Potom nasledovala práca pod mikroskopom. Veľmi rýchlo som pochopila že na nasledovné kroky treba mať podstatnú prax a tak som celý proces iba sledovala.

Najprv sa z formujúceho embrya musí odstrániť takzvaná vitelínová membrána, ktorá by bola prekážkou pri rezaní. To sa vykonáva pinzetou, kde ju treba zachytiť a stiahnuť z embrya –tento krok som skúšala vykonať a stále netuším ako to je možné bez prepichnutia či stlačenia embrya. Na mikroskopovanie treba veľmi pevné ruky.

Po odstránení membrány prichádza na rad vyrezanie časti bunky. Časť embrya, ktorú sme potrebovali sa dá poznať podľa malej čiernej čiarky, ktorá vyzerá ako úsmev keby bolo embryo smajlík. Už treba mať iba pevné ruky a nervy a vyrezať z okrúhleho embrya kúsok v tvare V. Z neho potom treba odstrániť žĺtkové bunky (je to predsa len vajíčko), ktoré nás nezaujímajú a dostať výrez do špeciálnej Petriho misky, ktorá má dno zo skla a tak sa dá vložiť rovno do mikroskopu.

Tieto vzorky sme potom predali do rúk ďalšiemu laborantovi, na vizualizáciu v konfokálnom mikroskope. Je to nesmierne dlhý proces, kde sa zorné pole fotí každých pár sekúnd po dobu asi 5 minút a potom sa takto sníma ďalšia časť preparátu a ďalšia... Viem, že za to popoludnie nasnímal viac ako 2000 fotografií z ktorých neskôr vytvoril krátke videá.

Vlastne, poznáte tie pekné farebné fotky z fluorescenčného mikroskopu? S výraznými čerenými a zelenými farbami? Konfokálny mikroskop je čiernobiely, vy si vyberiete farbu ktorú chcete vidieť a len tá bude viditeľná – ako biela na čiernom pozadí. Takže obrázky kde sa dajú porovnať  „zelené a červené“ bunky vzniknú až v počítači kde treba spojiť výsledky zo zeleného a červeného kanálu mikroskopu a bunky vlastne umelo zafarbiť. Takže pri priamom pozeraní do mikroskopu sme videli veľmi málo – výsledky sme uvideli až vo forme videa na laboratórnej schôdzi na ďalší deň.

Úspechom tohto dňa ale bolo, že bunky vydržali živé aj pod mikroskopom a nesprestali sa hýbať a rásť a tak vieme, že tento experiment je na dobrej ceste a postupne môže laboratórium vyrábať lepšie a lepšie preparáty aj s novými protilátkami, ktorých efekt chcú sledovať.