Zápisky z laboratória

Piatok a pondelok v laboratóriu neboli veľmi naplnené prácou, ale namiesto nej ponúkli iné zážitky. V piatok na obed mal v inštitúte prednášku biológ z USA, ktorý študuje veľmi odlišnú vec ako náš labák ale spája ich jedna spoločná téma. Jeho prednáška bola a ocirkadiálnych rytmoch v bunkách. Cirkadiálny rytmus sa najčastejšie spomína v súvislosti so zvieratami ako ich takzvané "vnútorné hodinky" a určuje kedy sa v našom tele dejú určité procesy na základe našich interných hodín. Ich laboratórium ale zistilo, že vnútorný rytmus majú aj jednotlivé bunky tela, a sleduje ich správanie v bunkových kultúrach na fibroblastoch - bunkách, ktoré sa nachádzaú hlavne v podkožnom tkanive. Tieto bunky sa významne podieľajú na hojení rán a tak výskumný tím vyskúšal ako sa mení ich schopnosť zaceľovať rany podľa interného "času dňa" týchto buniek. A rozdiel bol naozaj prelomový.      Vrstvu buniek vždy poškrabali nožíkom a sledovali ako rýchlo sa bunky premiestnia do rany. Ak...

Zo štvrtku sa vykľul veľmi dlhý deň, v labáku som zostávala až do šiestej večer - ale pekne po poriadku. Hneď z rána sme pokračovali s prácou na baktériách, ktoré sme sa snažili pozmeniť tak, aby nám vyrábali DNA, ktorú potrebujeme. Cez noc nám PCR naduplikovala dostatočný počet DNA vlákien a najprv sme potrebovali otestovať, či prístroj naozaj urobil, to čo mal - skúmavky vyzerajú pred a po procesom úplne identicky. Na skontrolovanie toho, či sa tam DNA nachádza a či je to tá, ktorú potrebujeme sme použili prístroj nazývaný gélová elektroforéza. Táto dokáže rozdeliť molekuly na základe ich dĺžky.      Prístoj funguje tak, že sa medzi dve elektródy vloží gél z agaru (rastlinná želatína) a na stranu pri negatívnej elektróde sa vstrekne DNA, ktorá je prirodzene negatívne nabitá. Keď sa prúd spustí, vlákna dna sa začnú hýbať cez gél smerom k pozitívnej elektróde - kratšie vlákna sa hýbu rýchlejšie a dlhšie pomalšie. Tak sa DNA rozdelí do pásov na základe ich dĺžky. Na výs...

V stredu som sa zoznámila s ďalším laboratórnym zvieratkom - respektíve asi s pár stovkami. V laboratóriu sa na sledovanie rastu používajú aj mušie vajíčka. Muchy nažívajú v sklenených fľaškách a zhruba každý deň produkujú novú generáciu, takže sa dajú veľmi rýchlo skrížiť a namnožiť.      To je veľmi žiadané, keďže v nich výskumník z Francúzska sleduje rôzne proteíny, ktoré musia byť správne označené. To sa dá docieliť tak, že sa do genetickej informácie muchy vloží kód pre novú,, fluorescenčnú verziu žiadaného proteínu. Ešte pred nedávnom to bola zložitá procedúra ktorá vyžadovala veľa času a baktérií a nebola príliš spoľahlivá. V posledných rokoch sa ale rozmohla technika Crispr, ktorá funguje ako nožničky a lepidlo na DNA v jednom, a dokáže veľmi jednoducho vložiť žiadaný gén do organizmu.     Aj napriek tomuto zjednodušenie nie je mutovanie múch jednoduché a trvá pár týždňov kým sa mucha môže sledovať.     Mušie vajíčka treba prepláchnuť v biel...

Dnešok bol veľmi upršaný a akosi podobne aj zaspaný aj v labáku. Po príchode som sa vplietla k rezidentnému fyzikovi/biológovi, ktorý išiel pracovať s konfokálnym mikroskopom. Ten umožňuje sledovať vzorky v 3D - je možné meniť výšku prierezu cez vzorku. Sledoval svoje pripravené membránové "vačky" ku ktorým pridal zmes proteínov a mali na nich začať rásť štruktúry, ktoré vyzerajú ako chápadlá. Veľmi dôležitá je rovnaká koncentrácia roztoku vo vačkoch a okolo nich, inak môžu prasknúť alebo sa zmrštiť. Je veľmi pravdepodobné, že sa toto stalo, pretože stačí minimálny rozdiel koncentrácií a experiment je nefunkčný.      Rozhodol sa preto pripraviť si nové "vačky" z čerstvých ingrediencií - lipidov a urobiť experiment ešte raz.      Neskôr som sa presunula k práci s žabacími vajíčkami. A keď hovorím žabacie vajíčka, myslím priamo od zdroja. Na tom istom poschodí ako laboratórium sa nachádajú aj miestnosti so žabami. Sú plné poličiek na ktorých sú tank...

Ahoj, volám sa Martina a na tomto blogu budem dokumentovať svoje zážitky z laboratórnej stáže v Cambridge. Budem tu súčasťou laboratória Jenny Gallop ktoré sa zaoberá vývojovou biológiou a špecificky formovania rôznych štruktúr z membrány bunky. Laboratórium sa nachádza v Gurdon Institute a ten sa celý zaoberá výskumom rakoviny. Ako som sa sem dostala? Posledný rok som študovala v Anglicku cez HMC Štipendium na nezávislej internátnej škole. Vždy som chcela ísť na dlhšiu dobu pracovať do laboratória a keď som sa ocitla v krajine so svetovým výskumom na univerzitách, rozhodla som sa skúsiť dostať sa k nejakému výskumu. V Anglicku som ale rýchlo zistila, že je tu všetko podstatne drahšie ako na Slovensku a bez nejakej podpory by som si nedokázala stáž zabezpečiť. Vtedy som sa dozvedela o grante od nadácie Pontis na vedu a výskum a prihlásila som sa naň a získala som finančné prostriedky ktoré mi umožnili zostať v Anglicku o 2 týždne dlhšie na laboratórnej stáži.  Najdôležitejš...