Zápisky z laboratória

Väčšinu štvrtka zabralo laboratórne stretnutie, ale pred ním sme ešte stihli pracovať s baktériami, ktoré sme deň predtým nechali množiť sa. Z nich sme dnes potrebovali vyseparovať DNA, ktorá sa bude môcť vložiť do iných baktérií na výrobu proteínov - dalo by sa povedať že jeden druh baktérií je dobrá továreň na DNA a druhý na proteíny. Procedúra toho dňa sa volala MidiPrep (predchádzajúca bola MiniPrep) pretože sme DNA separovali z väčšieho množstva baktérií. Procedúra bola ale úplne identická, takže môžem odkázať na predchádzajúci článok. DNA sme potom zmrazili a bola pripravená na použitie - naočkovanie do iných baktérií a výrobu proteínu. Zvyšok dňa zabralo laboratórne stretnutie - musím sa priznať, že opäť som z neho vyrozumela tak polovicu, keďže sa okrem biológie riešila často aj štatistika, modelovanie či programovanie - ako som už určite spomínala, vo vede je analýza dát rovnako dôležitá ako ich získavanie. Ale svetlým momentom bolo odhalenie toho kam sa podelo všetkých ...

V stredu ráno sme dostali výsledky našich DNA sekvencií z baktérií a zistili sme, že v jednej vzorke sa nám podarilo DNA do buniek dostať a naša sekvencia sa nachádzala v genóme (súbore všetkej DNA v bunke) nachádzala. Baktérie sa teda dali "použiť" na syntézu tejto vynovenej DNA a dali sme ich cez noc rásť aby sme z nich mohli získať väčšie množstvo DNA. Hlavná stredajšia úloha bola ale práca s embryami. Tie nám cez noc vyrástli a z pár buniek už bolo pár stoviek. Našou misiou bolo vyrezať z nich špecifickú časť, kde sa bunky v embryu rýchlo pohybujú a používajú na to ako inak našich starých známych – filopódie. Teraz prišiel na rad nástroj, ktorý ma fascinoval od vtedy čo som o ňom prvýkrát počula. Nožík z obočia. Veruže áno. Je to tenká sklená trubka na konci upchatá voskom do ktorého je vložený vlas z obočia, ľudského. Podľa odbornej literatúry má tento vlas potrebnú šírku, pružnosť a pevno...

Utorok sme začali pri bakteriálnych bunkách, ktoré sme si "naočkovali" špeciálnou sekvenciou DNA vo štvrtok. Z baktérií sme potrebovali dostať DNA, ktorá sa dá na oplátku naočkovať do iných baktérií, ktoré sú lepšie uspôsobené na tvorbu proteínov podľa tejto DNA. Celá procedúra sa volá Mini Prep, pretože sme pripravovali iba veľmi malé množstvo DNA, ktorú by sme mohli poslať na sekvenovanie a tak zistiť, či sa nám podarilo do baktérií dostať DNA, ktorú sme tam chceli vložiť. Začali sme tým, že sme baktérie zcentrifugovali a potom rozmiešali v špeciálnej zmesi chemikálií, ktorá rozbije stenu bakteriálnych buniek a uvoľní DNA. To, že sa tak stalo, sa pekne ukáže v skúmavke tým, že vyzerá ako zrazená masa, a keď ju otvoríte, vlákna DNA sú ako lepidlo a prilepili sa na viečko a natiahli sa ako syr z pizze :D. Tohto efektu sa zbavíme tak, že pridáme látku, ktorá zrazí všetky bunečné komponenty okrem DNA a dáme to do centrifúgy. Tento krát si ponecháme supernatant, teda tekutú sú...

Piatok a pondelok v laboratóriu neboli veľmi naplnené prácou, ale namiesto nej ponúkli iné zážitky. V piatok na obed mal v inštitúte prednášku biológ z USA, ktorý študuje veľmi odlišnú vec ako náš labák ale spája ich jedna spoločná téma. Jeho prednáška bola a ocirkadiálnych rytmoch v bunkách. Cirkadiálny rytmus sa najčastejšie spomína v súvislosti so zvieratami ako ich takzvané "vnútorné hodinky" a určuje kedy sa v našom tele dejú určité procesy na základe našich interných hodín. Ich laboratórium ale zistilo, že vnútorný rytmus majú aj jednotlivé bunky tela, a sleduje ich správanie v bunkových kultúrach na fibroblastoch - bunkách, ktoré sa nachádzaú hlavne v podkožnom tkanive. Tieto bunky sa významne podieľajú na hojení rán a tak výskumný tím vyskúšal ako sa mení ich schopnosť zaceľovať rany podľa interného "času dňa" týchto buniek. A rozdiel bol naozaj prelomový.      Vrstvu buniek vždy poškrabali nožíkom a sledovali ako rýchlo sa bunky premiestnia do rany. Ak...

Zo štvrtku sa vykľul veľmi dlhý deň, v labáku som zostávala až do šiestej večer - ale pekne po poriadku. Hneď z rána sme pokračovali s prácou na baktériách, ktoré sme sa snažili pozmeniť tak, aby nám vyrábali DNA, ktorú potrebujeme. Cez noc nám PCR naduplikovala dostatočný počet DNA vlákien a najprv sme potrebovali otestovať, či prístroj naozaj urobil, to čo mal - skúmavky vyzerajú pred a po procesom úplne identicky. Na skontrolovanie toho, či sa tam DNA nachádza a či je to tá, ktorú potrebujeme sme použili prístroj nazývaný gélová elektroforéza. Táto dokáže rozdeliť molekuly na základe ich dĺžky.      Prístoj funguje tak, že sa medzi dve elektródy vloží gél z agaru (rastlinná želatína) a na stranu pri negatívnej elektróde sa vstrekne DNA, ktorá je prirodzene negatívne nabitá. Keď sa prúd spustí, vlákna dna sa začnú hýbať cez gél smerom k pozitívnej elektróde - kratšie vlákna sa hýbu rýchlejšie a dlhšie pomalšie. Tak sa DNA rozdelí do pásov na základe ich dĺžky. Na výs...

V stredu som sa zoznámila s ďalším laboratórnym zvieratkom - respektíve asi s pár stovkami. V laboratóriu sa na sledovanie rastu používajú aj mušie vajíčka. Muchy nažívajú v sklenených fľaškách a zhruba každý deň produkujú novú generáciu, takže sa dajú veľmi rýchlo skrížiť a namnožiť.      To je veľmi žiadané, keďže v nich výskumník z Francúzska sleduje rôzne proteíny, ktoré musia byť správne označené. To sa dá docieliť tak, že sa do genetickej informácie muchy vloží kód pre novú,, fluorescenčnú verziu žiadaného proteínu. Ešte pred nedávnom to bola zložitá procedúra ktorá vyžadovala veľa času a baktérií a nebola príliš spoľahlivá. V posledných rokoch sa ale rozmohla technika Crispr, ktorá funguje ako nožničky a lepidlo na DNA v jednom, a dokáže veľmi jednoducho vložiť žiadaný gén do organizmu.     Aj napriek tomuto zjednodušenie nie je mutovanie múch jednoduché a trvá pár týždňov kým sa mucha môže sledovať.     Mušie vajíčka treba prepláchnuť v biel...